Este trabajo presenta un análisis meta-etnográfico de las investigaciones biomédicas realizadas con población mapuche durante los años 1993 a 2003, con el objeto de examinar la pertinencia cultural de los aspectos éticos involucrados en el proceso de investigación. Los principios bioéticos de autonomía, justicia y beneficencia orientan desde hace largo tiempo los procedimientos de investigación biomédica con seres humanos. Sin embargo, la aplicación universal de principios filosóficos occidentales aparece cuestionable y a veces inapropiada en sociedades multiculturales o pluriétnicas. Por ejemplo, el considerar preponderante el ejercicio de la autonomía individual en sociedades basadas en sistemas familiares y religiosos, obtener un consentimiento informado en lengua distinta a la materna, la configuración estereotipada del sujeto de investigación, aplicar procedimientos que excluyen la idea cultural de daño a través de la manipulación corporal, y la omisión del principio de justicia en los resultados de investigación, son aspectos resultantes de este trabajo, y que denotan la ausencia de una bioética aplicada al contexto, situación y cultura de los sujetos de estudio. En consecuencia un análisis que vincule bioética y cultura en los procesos de investigación podrían contribuir a diseñar, en conjunto con la sociedad mapuche y otros grupos étnicos, un marco de regulaciones éticas culturalmente pertinentes para la ejecución de estudios biomédicos.