Se presenta el caso de un recién nacido con una malformación intestinal grave que se complicó con un edema en esclavina secundario a una trombosis de las venas innominada y cava superior, debida a un cateterismo venoso central de yugular izquierda para nutrición parenteral prolongada, que se certificó por ecocardiografía. El paciente se trató inicialmente con heparina estándar y al no tener respuesta se cambió a Fraxiheparina®. Esta heparina, de bajo peso molecular, se dio por vía subcutánea, 150 U/kg/dosis, cada 12 h por 14 días, seguida de la administración de un anticoagulante oral, durante tres meses. El cuadro remitió completamente con el tratamiento con la heparina de bajo peso molecular. Se destaca la ventaja de usar las heparinas de bajo peso molecular, ya que a diferencia de sus homólogas son más seguras, no requieren de controles de coagulación tan rígidos, tienen menos complicaciones hemorrágicas y rara vez dan reacciones autoinmunes. Se señala la falta de información que existe en la literatura neonatal especializada en cuanto al tratamiento anticoagulante y trombolisis para el manejo de pacientes con riesgo de trombosis profunda.