Chlamydia trachomatis es una de las bacterias de transmisión sexual más frecuentes en el mundo. La mayoría de las infecciones en la mujer son asintomáticas pudiendo ascender y dejar secuelas reproductivas; por ello se requiere una estrategia de control de la infección cervical para lo cual son necesarios métodos de diagnóstico sensibles y específicos. Los hombres jóvenes asintomáticos constituyen otro reservorio de infección por clamidias. Para la obtención de muestras en este grupo se requiere un procedimiento menos invasor que el hisopado uretral. Los procedimientos de amplificación de los ácidos nucleicos (PAAN) han demostrado tener gran utilidad para el diagnóstico de C. trachomatis en hombres, en muestras de orina de primer chorro. La obtención de muestra es el factor que más influye en la sensibilidad del diagnóstico de C. trachomatis, con un mayor efecto en el cultivo celular y en las técnicas inmunológicas que en los PAAN, los cuales son más sensibles. El cultivo celular constituyó en el pasado la técnica de referencia del diagnóstico de C. trachomatis debido a su gran especificidad, pero por su menor sensibilidad en relación a los PAAN, se ha debido crear un gold standard "expandido" para evaluar los nuevos procedimientos de diagnóstico y se recomienda confirmar los resultados positivos obtenidos por técnicas diferentes al cultivo celular