Sólo dos especies de Neisseria son consideradas patógenas para el hombre: N. gonorrhoeae y N. meningitidis. El diagnóstico microbiológico se realiza en dos etapas: presuntiva y confirmatoria. La identificación presuntiva se hace con la tinción de Gram y la prueba de la oxidasa y la confirmatoria se basa en pruebas bioquímicas y serología, realizándose generalmente en laboratorios de referencia. Se describen dos casos clínicos de infección por Neisseria sp donde el diagnóstico microbiológico confirmatorio difirió de la presunción clínica inicial. Un caso correspondió a una endocarditis infecciosa por N. gonorrhoeae en un paciente de 54 años previamente sano, y el otro a un recién nacido de 26 días con conjuntivitis por N. meningitidis. Se revisa la literatura sobre estas manifestaciones inusuales y se discute la importancia de disponer de pruebas confirmatorias rápidas para un adecuado manejo médico y epidemiológico