RESUMEN Se determinó la variación aloenzimática y el grado de parentesco evolutivo en especies del género Microlophus del grupo "peruvianus" provenientes de 11 localidades de Chile y sur de Perú. Además se incluyó a dos grupos externos (M. occipitalis y M. thoracicus, ambos del norte de Perú), con el fin de polarizar los estados de caracteres en un análisis cladístico. Se analizó un total de 22 presuntos loci, de los cuales dieciocho fueron variables. Los resultados obtenidos sugieren la existencia de tres especies en el sur de Perú y norte de Chile. Dos especies habitan en el intermareal; una corresponde a M. quadrivittatus que se extiende desde Islay en Perú, hasta Antofagasta por el sur, y la otra, M. atacamensis se distribuye desde el sur de Antofagasta hasta Tres Playitas (Huasco). La tercera especie corresponde a M. theresioides, la cual se distribuye en el desierto interior de Chile, abarcando las localidades de Pica, Huayca y Mamiña, y probablemente se extienda hasta el rango costero del desierto chileno. Este ordenamiento taxonómico resultó concordante con los niveles de identidad genética de Rogers, cuyo dendrograma agrupó a las poblaciones en nodos consistentes con las tres especies. El análisis filogenético confirma la existencia de tres clados atribuibles a las especies sugeridas por el análisis fenético. No se encontró evidencia de la monofilia de las dos especies de intermareal, lo que indica que M. atacamensis es el taxón hermano del clado M. quadrivittatus-M. theresioides. De acuerdo a esto, la adaptación al hábitat costero pudo surgir en más de una ocasión en la historia evolutiva de los Microlophus del grupo "peruvianus", o bien corresponde a un atributo plesiomórfico dentro del grupo analizado.