La influenza se presenta como brotes estacionales y afecta con mayor severidad a la población con factores de riesgo conocidos. Se presenta, mediante estudio prospectivo, el comportamiento clínico epidemiológico de la influenza en niños hospitalizados durante el brote de 1999 en el Hospital Clínico San Borja Arriarán, comparando complicaciones en pacientes con y sin factores de riesgo. El diagnóstico se realizó por IFD. Se evaluó a 175 niños, 95% con influenza A, 60 % bajo 12 meses de edad. El Grupo 1 incluyó 46 niños con factores de riesgo y el Grupo 2 a 129 niños sin morbilidad previa. Hubo complicaciones en 51%. En el Grupo 1 se encontró diferencia estadísticamente significativa en relación a adquisición nosocomial y estadía en unidad de cuidados intensivos pediátrica, además de promedios en días de oxigenoterapia y estadía hospitalaria (p < 0,05). Se reconocen niños con mayor riesgo, en quienes deben focalizarse medidas preventivas como vacuna y programas de control de infecciones intrahospitalarias entre otras.