La tuberculosis constituye uno de los principales problemas de salud pública en el mundo. Varios estudios han comunicado la utilidad de la técnica de fingerprint con las secuencias de inserción (IS) 6110 e IS1081 para la identificación y tipificación de cepas del complejo Mycobacterium tuberculosis. Ambas secuencias son específicas de las especies bacterianas que pertenecen a este complejo, pero su presencia y número de copias varía entre cepas de M. tuberculosis y M. bovis. El objetivo de nuestro estudio fue investigar la presencia de las secuencias IS6110 e IS1081 en nueve cepas de Mycobacterium bovis aisladas de los ganglios mediastínicos de bovinos beneficiados en mataderos de Santiago de Chile. Se detectó la presencia de IS1081 en todas las cepas, mientras que IS6110 sólo fue detectada en 7 de ellas. Los resultados de este estudio sugieren la utilidad potencial de IS1081 para ser aplicada en la tipificación de cepas de M. bovis. La secuencia IS6110 podría constituir un marcador genético adicional en las cepas que contengan este elemento. Se requiere continuar la caracterización de estas secuencias de inserción con técnicas de genotipificación en que se incluya un mayor número de muestras, de distintas especies animales y provenientes de distintas zonas geográficas, a fin de generar información epidemiológica útil en futuros programas de control de la enfermedad.