Las etnias originarias del archipiélago de Chiloé presentan características culturales que plantean preguntas acerca de su origen como entidad genética independiente y distinta del grupo continental. Al respecto, hemos caracterizado las frecuencias de los cuatro haplogrupos amerindios fundadores del ADN mitocondrial en cuatro poblaciones del archipiélago. El componente aborigen materno de estas poblaciones fue superior al 90 %. El análisis de distancias genéticas sugiere una segregación norte-sur en donde las poblaciones septentrionales aparecen más relacionadas con la etnia continental Huilliche. Aún cuando el análisis de diferenciación interpoblacional y de componentes principales muestran una singularidad en el grupo insular, ésta puede ser interpretada a partir de datos genéticos, etnohistóricos y arqueológicos