Se procesaron un total de 1.418 muestras para determinar la prevalencia de Varroa destructor, Braula coeca, Nosema apis y Malpinghamoeba mellificae durante cuatro estaciones en el Secano Costero e Interior de la Sexta Región, Chile. Se realizó una comparación entre los resultados obtenidos desde colmenas rústicas y modernas. Los resultados obtenidos indicaron una mayor prevalencia de V. destructor en verano, con un 58 ± 7,05%; la prevalencia obtenida desde colmenas modernas fue significativamente más alta, excepto para primavera de 1999, en la cual no existieron diferencias entre colmenas. B. coeca sólo se detectó en una estación, con un 1,4 ± 1,68% de prevalencia. Para N. apis los más altos valores se obtuvieron en primavera con un 78,26 ± 5,8% y para M. mellificae se registró el más alto valor en primavera, con un 8,69 ± 4,03%, en estas dos enfermedades no existieron diferencias entre colmenas rústicas y modernas.