Se comparan, a través de registros sedimentarios, palinológicos y diatomológicos, dos momentos de la historia ambiental del sistema lacustre de San Pedro. El primero, corresponde al periodo prehispánico, representando a las condiciones prístinas o línea base del sistema. El segundo periodo, el más reciente, representa aproximadamente a los últimos diez años de intervención antrópica. Para lograr lo anterior, se recolectaron muestras verticales de sedimento del fondo en los dos lagos del sistema lacustre de San Pedro (Lagunas Grande y Chica). Se realizaron análisis cronológicos (C14), palinológicos y diatomológicos de los estratos superiores e inferiores de la columna sedimentaria. Los resultados indican que el sistema lacustre de San Pedro ha experimentado drásticos cambios desde la llegada de los españoles, evolucionando desde una cobertura vegetacional natural, predominantemente nativa, a una fuerte presión de uso forestal. Del mismo modo, el estado cualitativo del agua presenta una variación en sus características tróficas, reconociéndose una evolución desde aguas oligotróficas a eutróficas, en Laguna Grande, y de oligotrofía a mesotrofía en Laguna Chica. Finalmente, se propone la incorporación del análisis de los registros sedimentarios en los estudios ambientales y planes de manejo de los sistemas lacustres. De esta forma será posible conocer la línea base (condiciones prehispánicas) y la respuesta del ecosistema acuático a las influencias antrópicas