Los enterovirus causan cerca de 90% de las meningitis asépticas (MA). La ausencia de un buen método de diagnóstico etiológico determina con frecuencia tratamientos innecesarios. En este estudio se comparó la detección de enterovirus en líquido cefalorraquídeo (LCR) usando cultivos celulares e inmunofluorescencia indirecta (CC/IFI), con la reacción de polimerasa en cadena (RT-PCR). Se estudiaron 22 muestras de LCR provenientes de niños con MA (casos) y 17 de niños con otras patologías (controles). Todos fueron atendidos en servicios pediátricos del Hospital Carlos van Buren de Valparaíso. Hubo 100% de concordancia entre ambos métodos en los 22 niños con MA, encontrándose 21 casos positivos para enterovirus. Entre los 17 controles, 2 muestras resultaron positivas por RT-PCR y una de ellas lo fue también por CC-IFI. La RT-PCR resultó un método sensible y específico. Considerando la rapidez con que se pueden tener los resultados es esperable que su uso rutinario sea beneficioso para los pacientes con MA.