El caballo Criollo del Uruguay (CCU) corresponde al biotipo de caballo de trabajo americano, adaptado y criado en vastas zonas ganaderas. El objetivo de este trabajo es estudiar su variabilidad genética y establecer la diferenciación entre las subpoblaciones que componen la muestra con el fin de analizar la variabilidad entre las mismas. El estudio se realiza mediante 16 marcadores genéticos (7 grupos sanguíneos y 9 polimorfismos bioquímicos), analizándose 145 CCU pertenecientes a 4 Departamentos del país. Los sistemas electroforéticos analizados dentro de las 4 subpoblaciones (A, B, C, D) se encontraron en equilibrio génico. La variabilidad genética racial se estimó mediante el Índice de Heterocigosidad media esperada (IH) para los 16 marcadores genéticos (MG), el número total de variantes y el índice de consanguinidad (f). Los resultados fueron: 0.424, 62 y 0,049 respectivamente. La variabilidad de cada una de las subpoblaciones se evaluó mediante el índice F de fijación de <A HREF="#39">Wright</A> (F) y el IH. Todas las subpoblaciones presentaron F negativo, siendo la de menor variabilidad la B (IH= 0.265). Se calculó la distancia genética de Nei entre las 4 subpoblaciones. Esta fue en orden creciente con respecto a la A: C (0.007), D (0.014) y B (0.058). Se realizó un análisis de "cluster" mediante el método de UPGMA, obteniéndose un dendograma en el que se agrupan las subpoblaciones A, C y D. Se puede concluir que el CCU tiene una variabilidad genética de intermedia a alta, conservando el polimorfismos de las razas ancestrales. En cuanto a la variabilidad intrapoblacional se comprueba la presencia de una línea (B) dentro de la raza