RESUMEN El lago Chungará, es el más austral y de mayor altura de los lagos altoandinos, está ubicado a 4.520 m de altitud en el altiplano chileno (18º14' S, 69º09' O); es un lago polimíctico-frío, con origen tectónico- volcánico y 34 m de profundidad máxima. Presenta variaciones reducidas de temperatura entre profundidades y estaciones del año (4 a 11 ºC), el promedio de temperatura anual se ha incrementado en 1,2 ºC entre los períodos 1986-1987 y 1998-1999. Entre los mismos períodos se observó una disminución significativa en el volumen del lago (_6,58 %) y consecuentemente en la profundidad máxima. Conjuntamente la salinidad aumentó significativamente con valores máximos de 1.464 µmhos y 2.650 µmhos para cada período. Estos cambios pueden ser las causas de la modificación en composición y abundancia del fitoplancton, asociadas, además, a la disminución significativa de la clorofila a (P < 0,0054).