Aunque las técnicas de referencias citadas por la USDA y OIE son IFI y FC, para el diagnóstico de las infecciones por Babesia equi y Babesia caballi, éstas no permite la diferenciación entre las especies y no descartan resultados falsos negativos. La implementación de la PCR como técnica directa, en la identificación y carac-terización de estos parásitos, sin duda constituye un soporte al diagnóstico clínico de la piroplasmosis equina. Dado lo anteriormente expuesto en el presente trabajo se estandarizó la PCr para la identificación de B. equi y B. caballi. El procedimiento contempló la implementación de un protocolo de extracción de DNA, a partir de muestras de sangre y la optimización de PCR, tanto para la mezcla de reacción como para el programa de termociclación, junto a 4 partidores: P1 y P2 para B equi y P3 y P4 para B caballi. Ambos amplifican en forma selectiva una secuencia conservada de los genes de 16S rDNA, equivalentes a 659 bp para B. caballi y 664 bp para B. equi. La sensibilidad técnica fue de 0,1ng/ml para B. equi y 1ng/ml para B. caballi. El estudio de especificidad técnica no mostró productos de amplificación al utilizar DNAs de Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Echinococcus granulosus, Fasciola hepatica. Se estudiaron 77 muestras de sangre de equinos provenientes de la Región Metropolitana de Chile con y sin sospecha clínica, de las cuales 15 resultaron positivas (14 a B. equi y 1 a B. caballi). Nuestros resultados crearon la necesidad de una evaluación epidemiológica de la PCR y su confrontación con otras técnicas de diagnóstico directo, para lo cual en la actualidad se estudian muestras de sangre equina con sospecha a piroplasmosis