La frutilla chilena (Fragaria chiloensis L. Duch.) es una especie nativa de Chile que fue domesticada antes de la llegada de los españoles. Esta especie es uno de los progenitores de la frutilla cultivada (F. x ananassa) y se encuentra distribuida en una amplia zona del país, colonizando diferentes sistemas agroecológicos. Aparentemente, en estos diversos hábitats se han desarrollado diferentes ecotipos que presentan una gran diversidad de características morfológicas y agronómicas. Los objetivos del trabajo fueron: a) determinar la diversidad genética de una muestra representativa de frutillas chilenas usando marcadores bioquímicos y moleculares; b) comparar la información previamente generada por la amplificación de ADN polimórfico al azar (RAPD) en las mismas accesiones; y c) determinar el posible uso de esta información en un programa de mejoramiento de la especie. En este trabajo se analizaron 83 accesiones silvestres con los sistemas enzimáticos fosfoglucosa isomerasa (GPI), leucina aminopeptidasa (LAP), y fosfoglucomutasa (PGM) y 61 accesiones mediante la amplificación de fragmentos polimórficos (AFLP). Los resultados del estudio enzimático indicaron una baja diversidad genética y sólo algunos genotipos fueron polimórficos para LAP y GPI. Los resultados de AFLP detectaron también un bajo nivel de polimorfismo entre las accesiones analizadas. Se discuten estos resultados y sus implicaciones sobre el mejoramiento genético de la especie.