Hasta hace un tiempo, los cultivares de vid sólo podían ser diferenciados en base a observaciones ampelográficas. Actualmente se dispone de numerosos métodos moleculares basados en PCR que permiten un exhaustivo análisis genético de las plantas analizando directamente su genoma y evitando de esta manera la interferencia de efectos ambientales. En este trabajo se presentan los resultados de la aplicación de dos de estos métodos, RAPD y AFLP, para estudiar la diversidad genética existente en un grupo de más de 50 cultivares de vid. Usando 18 partidores de RAPD se identificaron 103 bandas informativas, correspondiente a un 29,9% de polimorfismo. Por su parte, usando cuatro combinaciones de partidores de AFLP se obtuvieron 86 bandas informativas (29,6% de polimorfismo). Ambos métodos mostraron un adecuado grado de reproducibilidad, evaluada sobre una colección de clones de Cabernet Sauvignon. Los dendrogramas preparados en base a estos datos graficaron la capacidad de ambos métodos para diferenciar todos los cultivares estudiados. En el caso de los clones de Cabernet Sauvignon, AFLP permitió identificar una serie de diferencias que podrían estar asociadas a diferencias en el largo de los racimos que presentan estos clones. La comparación de ambos métodos, principalmente en cuanto a su capacidad para diferenciar cultivares y clones, sugiere que AFLP es el método más adecuado para ambos propósitos. Sin embargo, ambos métodos podrían ser implementados, dado que bajo condiciones controladas muestran apropiados niveles de polimorfismo y reproducibilidad