Se caracterizaron 39 genotipos chilenos de trigo harinero mediante el análisis de alelos de microsatélites (SSR) asociados a un gen de glutenina de bajo peso molecular (LMWG) y a un pseudo-gen de gamma -gliadina. Se detectaron ocho alelos para el locus de LMWG y nueve para el de gamma -gliadina, incluido un alelo nulo. Desde un punto de vista de la identificación genética, un 44% de las variedades estudiadas presentaron combinaciones de alelos únicas. Parte de los genotipos caracterizados por SSR fue sometido a pruebas tradicionales de calidad panadera. Estos resultados fueron correlacionados con los alelos de SSR determinados, usando una metodología que permite comparar variables cualitativas con variables cuantitativas. Se encontraron asociaciones estadísticamente significativas entre los alelos de LMWG con las pruebas de sedimentación (0,51**), gluten index (0,42**) y gluten seco (0,35**). Para el caso de los alelos de gamma -gliadinas se determinaron correlaciones estadísticamente significativas con todas las pruebas de calidad realizadas (0,54** para porcentaje de proteína, 0,47** para sedimentación, 0,52** para gluten-index y 0,49** para gluten seco). Así también, se encontró una correlación estadísticamente significativa (0,48**) entre LMWG e índice inglés para calidad panadera, que está basado en los patrones de gluteninas de alto peso molecular. Por el contrario, no hubo correlación entre LMWG e índice francés, ni entre gamma -gliadina y los índices francés e inglés.