En el presente trabajo se presenta un estudio experimental de la extracción de los alcaloides cuaternarios totales de las raíces de Berberis chilensis (Gilles ex Hook) usando un percolador de lecho fijo inundado, con metanol como solvente. Las variables estudiadas fueron la temperatura de extracción (30°C, 40°C y 55°C) y el caudal de metanol (190 ml/h, 310 ml/h y 460 ml/h). La determinación de los alcaloides cuaternarios se realizó por métodos gravimétricos.Con el fin de minimisar el consumo de solvente, las condiciones de temperatura de 55°C y caudal de 190 ml/h condujeron al mayor rendimiento, 90% de extracción, en un tiempo total de 4 horas.