En este trabajo se estimó la pérdida y fragmentación de bosque nativo en la cuenca del río Aysén, ocurrida entre los años 1900 y 1998, debido principalmente a incendios forestales producto de la colonización del territorio. En la reconstrucción de la cobertura boscosa fueron de gran utilidad distintos registros históricos y el sistema de información geográfica (SIG ArcView 3.2). Se aplicaron diferentes índices del paisaje (área, densidad y tamaño del fragmento, área núcleo total, distancia euclidiana, índices de forma y de agregación, y longitud de borde total), evaluándose los cambios en los patrones de distribución del bosque nativo entre 1900 y 1998. Se reconoció que el bosque perdido fue reemplazado mayormente por praderas, evidenciándose una pérdida aproximada del 23%, de bosque nativo, identificándose además un aumento de fragmentos menores a 100 ha, y la disección de estos debido a los incendios generados durante la colonización. Sin embargo, dichos fragmentos presentarían una alta conectividad, situación que fue corroborada a través de diferentes índices de paisaje.