The objectives of this study were to identify Fusarium species causing root rot in wheat produced in the Bajío of Mexico, and to determine the response of 28 wheat varieties to this disease. Fusarium spp. isolates were obtained from samples with root rot symptoms in 2014 and 2015. The fungal isolates were identified by morphological characterization and sequence analysis of ITS and TEF-1?, and also using specific primers for the detection of Fusarium species. Pathogenicity of a representative isolate of each Fusarium species was verified by immersion of seeds of 28 wheat varieties in a conidial suspension. The results of the morphological characterization, sequence analysis, and pathogenicity tests indicated that Fusarium graminearum and F. proliferatum are the main species causing root rot in wheat grown in the Bajío of Mexico. In addition, the response to inoculation indicated that varieties Galvez M87, Castrejón F97, and Maya S2007 were the most tolerant to the disease, while Monarch Batan F96 and F2007 were more susceptible.Los objetivos de este estudio fueron identificar las especies de Fusarium causantes de pudrición de raíz en trigos producidos en el Bajío de México, además de determinar la respuesta de 28 variedades de trigo a la enfermedad. En 2014 y 2015 se obtuvieron aislados de Fusarium spp. a partir de muestras de trigo con síntomas de fusariosis. Los aislados fúngicos se identificaron mediante caracterización morfológica y análisis de secuencias ITS y TEF-1?, así como el uso de iniciadores específicos para la detección de especies de Fusarium. Un aislado representativo de cada especie de Fusarium obtenida se incrementó para verificar su patogenicidad a través de la inmersión de semillas de 28 variedades de trigo en una suspensión de conidios. Los resultados de la caracterización morfológica y análisis de secuencias, así como las pruebas de patogenicidad, indicaron que Fusarium proliferatum y F. graminearum son las principales especies causantes de la pudrición de raíz en trigo cultivado en el Bajío de México. Entretanto, la respuesta a la inoculación indicó que las variedades Gálvez M87, Castrejón F97 y Maya S2007 fueron las más tolerantes a la enfermedad, mientras que Monarca F2007 y Batán F96 fueron las variedades más susceptibles.