Guazuma crinita is an important fast-growing timber tree species widely used in agroforestry systems in the Peruvian Amazon. The objectives of our research were (i) to assess genetic diversity of G. crinita using inter-simple sequence repeat (ISSR) markers and (ii) estimate correlation between genetic and geographic distances among provenances. The sample included 44 genotypes from 11 provenances in the Aguaytia and neighboring Pachitea watersheds in the Peruvian Amazon. Ten ISSR primers amplified a total of 65 bands of which 61 were polymorphic (93.8 %). The range of DNA amplification varied from 260 to 2,200 bp. Among the provenances, Macuya exhibited the highest percentage of polymorphic bands (PPB) with 67.7 %, 0.21 Nei's gene diversity (He) and 0.33 Shannon index (I). Overall genetic differentiation (Gjt) was 0.03, indicating 97 % of genetic diversity within provenances. Gene flow (Nm) was 12.9 alleles per generation. Cluster analysis was not related to geographic origin, suggesting a common gene pool. However a weak positive correlation (r = 0.27, P < 0.05) was found between genetic and geographic distance. This is the first study of genetic diversity and structure of G. crinita. We recommend in situ conservation strategies for populations with high levels of genetic diversity.Guazuma crinita es una importante especie maderable de rápido crecimiento ampliamente usada en sistemas agroforestales en la Amazonia Peruana. Los objetivos de nuestra investigación fueron; (i) evaluar la diversidad genética de G. crinita revelada por marcadores de intersecuencias simples repetidas (ISSR) además de (ii) estimar la correlación entre las distancias genéticas y geográficas entre procedencias. La muestra incluyó 44 genotipos de 11 procedencias en las cuencas de Aguaytia y Pachitea en la Amazonia Peruana. Diez cebadores ISSR amplificaron un total de 65 bandas de las cuales 61 fueron polimórficas (93,8 %). El rango de amplificaciones de ADN varió desde 260 hasta 2.200 bp. Entre las procedencias, Macuya exhibió el mayor porcentaje de bandas polimórficas (PPB) con 67,7 %, 0,21 diversidad genética de Nei (He) y 0,33 de indice de Shannon (I). La diferenciación genética general (Gst) fue 0,03, indicando 97 % de la variación genética dentro de las procedencias. El flujo genético (Nm) fue 12,9 alelos por generación. El análisis de agrupamiento no estuvo relacionado con el origen geográfico sugiriendo una fuente genética en común. Sin embargo, se encontró una correlación positiva débil (r = 0,27, P < 0,05) entre las distancias genéticas y geográficas. Este es el primer estudio sobre la diversidad y estructura genética de G. crinita. Se recomiendan estrategias de conservación in situ para las poblaciones con altos niveles de diversidad genética.