Las hipótesis sobre el origen de las poblaciones que construyeron Tiwanaku basadas en información lingüística y etnohistórica son contrastadas haciendo uso de ADN mitocondrial antiguo, aislado de restos esqueletales. Se analizaron 18 muestras de las cuales 13 rindieron amplificados para los marcadores amerindios. La distribución de haplogrupos (A: 8%, B: 15%, C: 23%, D: 23% y otros 31%) relaciona genéticamente a la población estudiada con grupos amazónicos y quechuas actuales. El número de muestras analizadas no permite aún una subdivisión por fases cronológicas con el objeto de precisar más el origen de las poblaciones Tiwanaku. No obstante, la distribución de haplogrupos es significativamente diferente de aquella que caracteriza a los grupos aymara.