La deformación intencional craneana tiene como consecuencia la alteración permanente de los atributos anatómicos externos del cráneo humano. Entre las poblaciones prehispánicas del extremo norte de Chile esta práctica se extendió por un lapso de cinco mil años. En algunos casos, la presencia en el cráneo de restos bioculturales impide la aplicación de las técnicas morfométricas normalmente utilizadas en cráneo seco. Con el fin de superar esta limitación y conocer el patrón de variación de la forma craneana de muestras representativas de las poblaciones prehispánicas de Arica, se obtuvieron radiografías laterales que fueron analizadas mediante morfometría geométrica. Los resultados del presente trabajo muestran que: (1) la variación de los componentes de la forma craneana depende de la magnitud y dirección con que se aplicaron y orientaron originalmente los aparatos deformadores sobre los ejes anatómicos mayores del cráneo, (2) la deformación intencional involucra a los hitos anatómicos del neurocráneo y de la cara y (3) el tipo de la deformación intencional sería independiente del período cronológico durante el cual se llevó a cabo esta práctica, sugiriendo la ocurrencia de una continuidad morfológica entre las poblaciones arqueológicas de la costa y valles de Arica. Se discuten las consecuencias de esta discrepancia con los resultados obtenidos al aplicar morfometría convencional, se constata la importancia del uso de las técnicas radiográficas y la morfometría geométrica para comprender las consecuencias morfológicas de la deformación intencional del cráneo, y se discuten las eventuales aplicaciones clínicas de este enfoque morfométrico en poblaciones actuales