Pinus radiata is a conifer of recognized economic value. Studies at genetic and molecular level to support breeding programs of radiata pine have been conducted with difficulty due to its large and complex genome. The development of molecular markers has allowed performing studies on genetic variation, identification of clones and construction of linkage maps. In order to increase the genetic molecular markers in P. radiata, two inter simple sequence repeat (ISSR) markers and twelve selective amplifications of microsatellite polymorphic loci (SAMPL) primer combinations were tested, using a first-generation full-sib family of 86 individuals. Polymerase chain reaction (PCR) products were visualized by capillary electrophoresis and polymorphism was detected by presence or absence of a particular fragment in one P. radiata parental. A total of 18 polymorphic fragments were found for two ISSR primers tested, with an average segregation distortion of 33 %. SAMPL markers yielded 85 polymorphic fragments with eight primer combinations, with an average of 22.3 % segregation distortion. Both methodologies showed a good reproducibility, with easy implementation and useful for genetic analysis on P. radiata.Pinus radiata es una conífera de reconocido valor económico, en la cual los estudios a nivel genético y molecular, han sido conducidos con dificultad en programas de mejoramiento debido a su genoma complejo y de gran tamaño. El desarrollo de marcadores moleculares ha permitido realizar estudios de variación genética, validar clones y construir mapas de ligamiento. Para lograr incrementar la disponibilidad de marcadores moleculares en P. radiata, se examinaron dos marcadores ISSR (inter simple sequence repeat) y 12 combinaciones de partidores SAMPL (selective amplification of microsatellite polymorphic loci), usando una familia F1 de 86 hermanos completos de primera generación. Los productos de PCR (polymerase chain reaction) se visualizaron mediante electroforesis capilar y la selección de fragmentos polimórficos se efectuó a base de la presencia o ausencia de un fragmento en uno de los parentales de la familia de P. radiata. Un total de 18 fragmentos polimórficos fueron encontrados para los dos partidores ISSR, con una distorsión de segregación promedio de 33 %. Los marcadores SAMPL generaron 85 fragmentos polimórfcos empleando ocho combinaciones, con un promedio de 22,3 % de distorsión de segregación. Ambas metodologías mostraron buena reproducibilidad, fácil implementación y utilidad para análisis genético en P. radiata.