Environmental Protection Areas (EPA) are of extreme importance for species conservation and establishment. We investigated different areas of riparian forests in the Environmental Protection Area of Ibirapuitã, southern Brazil. We analyzed the environmental quality of these areas by studying the lichen community and using the index of atmospheric purity (IAP) with the environmental classification factor (ECF) as the correction factor. The lichen community was analyzed in 12 riparian forest stands located in the southern region of EPA. Lichens were registered on 60 tree barks, from 50 cm to 150 cm above the ground, on both north and south sides. A cluster analysis was used to test whether there were changes in lichen species similarity among communities from each forest vegetation stands. A total of 193 lichen species were registered. The stands were classified into poor-lichen, transition zone, and normal for lichen development. The cluster analysis showed distinct groups, demonstrating differences in species composition among the stands. Indicator lichen species were registered in 80 % of the studied stands. In the most conserved areas, higher species richness and a greater number of fruticose species were registered, besides the presence of key species such as the genus Lobaria. The conservation of forest areas in environmental protection areas is essential for biodiversity conservation. Our results confirm the usage of the index of atmospheric purity with ECF to evaluate environmental quality of forest areas.Las áreas de protección ambiental (APA) son de importancia para la conservación de las especies y su establecimiento. Se investigaron diferentes áreas de bosques ribereños en el área de protección ambiental de Ibirapuitã, sur de Brasil. Se analizó la calidad ambiental de estas áreas de la comunidad liquénica, utilizando el índice de pureza atmosférica (IPA), con el factor de clasificación ambiental (FCA) como el factor de corrección. La comunidad liquénica fue analizada en 12 sitios del bosque ribereño ubicados en la región sur de la APA. Se registraron los líquenes en 60 árboles, de 50 cm a 150 cm sobre suelo, en las exposiciones norte y sur. Se utilizó el análisis de conglomerados para verificar cambios en la similitud de especies liquénicas entre los diferentes sitios del bosque. Se registró un total de 193 especies de líquenes. Los sitios fueron clasificados en zonas pobres, de transición y normal para el desarrollo de los líquenes. El análisis de conglomerados mostró grupos distintos, lo que demuestra diferencias en la composición de especies entre los sitios del bosque. En el 80 % de los sitios se registraron especies de líquenes indicadoras. En las zonas más conservadas se registró mayor riqueza de especies, mayor número de especies fructicosas, además de la presencia de especies del género Lobaria. La preservación de las áreas de protección ambiental es esencial para la conservación de la biodiversidad. Los resultados obtenidos confirman que el uso del índice de pureza atmosférica con FCA permite evaluar la calidad ambiental de las áreas forestales.