To explore the forest harvest effects on biologically active fractions of soil organic matter dynamics, we evaluated soil total carbon (C-total) and soil microbial biomass carbon (SMBC) concentrations, and basal soil respiration (BSR) in old-growth forest (as control) and logged stands (logged one- and 20-yrs ago) in two regions (dry and wet regions) in temperate forests of Oaxaca, Mexico. Mean C-total values were higher in the Dry region than in the Wet region. Greater mean annual precipitation resulted in consistently lower BSR, but had inconsistent effects on the SMBC in dependence upon annual rainfall in the sampling year. In the dry region SMBC was higher in the dry season than in the rainy season, and BSR was higher in soils collected in the rainy season than those collected in the dry season. Forest logging consistently decreased C-total and SMBC concentrations and BSR. In contrast, rainfall seasonality in the Wet region did not affect SMBC concentration or BSR. On the other hand, in this region, the main response to the forest thinning application was an increase in the concentration of C-total. Overall, we conclude that the soil carbon pools and the effects of forest thinning on the biologically active fractions of soil organic matter will vary, depending on the details of the site's annual rainfall amount.Las concentraciones de carbono (C) total y en la biomasa microbiana del suelo (CBMS), y la respiración basal del suelo (RBS) en bosques templados naturales (testigo) y rodales con aprovechamiento (después de uno y 20 años de la extracción), fueron determinadas en dos regiones (seca y húmeda) con bosques templados en Oaxaca, México, con el fin de explorar efectos del manejo en la dinámica de las fracciones biológicamente activas de la materia orgánica del suelo. Los valores medios de C-total fueron mayores en la región seca que en la húmeda. La mayor cantidad de precipitación media anual produjo menor RBS, pero tuvo efectos inconsistentes en la concentración de CBMS dependiendo de la cantidad de lluvia en el año de muestreo. En la región seca, el CBMS fue mayor en la estación seca que en la de lluvias y la RBS mayor en los suelos recolectados en la estación de lluvias que en aquellos recolectados en la seca. El aprovechamiento disminuyó las concentraciones de C-total y de CBMS, y la RBS. En la región húmeda, la estacionalidad en las lluvias no afectó la concentración de CBMS ni la RBS. En esta región, la principal respuesta al raleo del bosque fue el aumento en la concentración de C-total. Se concluye que los almacenes de carbono en el suelo y los efectos del raleo del bosque en las fracciones activas de la materia orgánica del suelo variarán dependiendo de los detalles en la cantidad de lluvia que recibe el sitio anualmente.