Fluorescence in situ hybridization (FISH) with rRNA-targeted oligonucleotide probes was used to investigate the abundance of prokariotic community from the sediments of different sites and along a temporary-space scale from Salar de Lagunilla, a high-altitude athalassohaline wetland in the Chilean Altiplano. Six different taxonomic groups were studied: alpha, beta, gamma proteobacterias, sulfate-reducing of the delta subclass of Proteobacteria, Cytophaga-flavobacteria and the domain Archaea. The analyses showed the Archaea domain and Cytophaga-flavobacteria group (33.6 % - 20.2 %, respectively) as the dominant group, whereas the groups with minor abundance corresponded to alpha and Beta-proteobacteria (10.7-15.5 %). The prokariotic communities in the sediments also developed differently, as shown by Fluorescence in situ hybridization (FISH) and by nonmetric multidimensional scaling analysis. Changes in prokariotic community composition were followed during three years, where there was a difference in the abundance of the domain Archaea, during the dry season (March-August 2006), which demonstrated the existence of temporary differences, but not space. In addition, Canonical correspondence analysis revealed that the prokaryotic community composition could be influenced by some environmental factors, where important components of the ecosystem such as, limestone and carbon, could play a role in the distribution and composition of the prokaryotic community.Se estudio la composición procariota de los sedimentos asociados a la laguna del salar alto andino de Lagunilla, norte de Chile, mediante la técnica de Hibridación in situ Fluorescente (FISH), a lo largo de una escala espacio-temporal. Se estudiaron seis diferentes grupos de la comunidad procariota alfa, beta, gamma protobacterias, sulfatoreductoras, Cytofagas-flavobacterias y el dominio Archaea. Los análisis mostraron que el grupo más dominante fue el Dominio Archaea y Cytofaga-flavobacteria (33.6% y 20.2%), mientras que los grupos con menor abundancia corresponden alfa y beta-protobacteria (10.7 y 15.5%). Se analizaron los cambios en la composición de la comunidad microbiana, a través de un análisis de escalamiento multidimensional no métrica. Los cambios en la composición de la comunidad procariotas fueron seguidos durante tres años, donde se observó una diferencia en la abundancia del dominio Archaea, durante la estación seca (marzo-agosto de 2006), el cual demostró la existencia de diferencias temporales, pero no espaciales. Los análisis de correspondencia Canónica, revelaron que la composición procarionte fue influenciado por algunos factores ambientales, siendo la caliza y el Carbono componentes de importancias en este ecosistemas, los cuales juegan un rol en la distribución y composición de la comunidad procariota.