We aimed to identify faeces belonging to either Darwin’s fox (Lycalopex fulvipes) or kodkod (Leopardus guigna) by using molecular genetic techniques, and to describe and compare the gastrointestinal parasites harbored by both carnivores in Chiloé Island. We found that 60% (25/42) and 88% (28/32) of faeces of Darwin’s fox and kodkod had parasite eggs. This study provided the fi rst record of Aspiculuris sp. and trematodes in Darwin’s fox and Aspiculuris sp., Trichuris sp., Capillaria sp., Isospora sp. and trematodes in kodkod, which may correspond to either prey- or host-originated parasites.Nuestro objetivo fue identifi car heces pertenecientes a zorro de Darwin (Lycalopex fulvipes) o güiña (Leopardus guigna) utilizando técnicas de genética molecular, y describir y comparar los parásitos gastrointestinales albergados por ambos carnívoros en la isla de Chiloé. Encontramos que 60% (25/42) y 88% (28/32) de heces de zorro de Darwin y güiña tuvo huevos de parásito. Este estudio entregó el primer registro de Aspiculuris sp. y tremátodos en zorro de Darwin y Aspiculuris sp., Trichuris sp., Capillaria sp., Isospora sp. y tremátodos en güiña, que podrían corresponder a parásitos de presas u hospederos.