The aim of the study was to quantify and compare apical debris extrusion in two systems of continuous and reciprocating rotary instrumentation with, and without, the use of a patency file. An experimental study was carried out in 120 mesial roots of lower first molars, which were randomized in the following 4 groups: Group A. Reciproc (VDW) R25 without a patency file, Group B Mtwo (VDW) without a patency file, Group C Reciproc (VDW) R25 with a patency file and Group D Mtwo with a patency file. Groups A, B and C presented statistically significant differences in comparison to group D, Mtwo with the use of a patency file (p<0.008 to 95% reliability). In conclusion, the greater amount of debris extruded through the apex occurred in roots instrumented with the reciprocating rotary system; this difference was statistically significant in relation to teeth treated with the Mtwo continuous rotary system with the use of a patency file.El objetivo del estudio fue cuantificar y comparar la extrusión de residuos apicales en dos sistemas de instrumentación endodónticos rotativos, continuo y recíproco, con y sin el uso de una lima de pasaje apical. Se realizó un estudio experimental en 120 raíces mesiales de primeros molares inferiores, que se aleatorizaron en los siguientes 4 grupos: Grupo A. Reciproc (VDW) R25 sin lima de pasaje apical, Grupo B Mtwo (VDW) sin lima de pasaje apical, Grupo C Reciproc (VDW) R25 con lima de pasaje apical y Grupo D Mtwo con lima de pasaje apical. Los grupos A, B y C presentaron diferencias estadísticamente significativas en comparación con el grupo D, Mtwo con el uso de una lima de pasaje apical (p<0.008 a 95% de confiabilidad). En conclusión, la mayor cantidad de residuos extruidos a través del ápice ocurrió en raíces preparadas con el sistema rotativo recíproco; Esta diferencia fue estadísticamente significativa en relación a los dientes tratados con el sistema rotativo continuo Mtwo con el uso de una lima de pasaje apical.