Congenital malaria (CM) is a Plasmodium spp infection acquired in utero or during delivery with nonspecific clinical manifestations. Plasmodium falciparum can cause severe illness in pregnant women and newborns.Objective: to describe two cases of CM caused by Plasmodium falciparum, differential diagnosis of sepsis in newborns of pregnant women who live in or have visited endemic malaria zones.Clinical Cases: Female neonates born in a non-endemic malaria area, diagnosed with neonatal sepsis and treated with antibiotics without clinical response. After the first week of life, the peripheral blood smear identified trophozoites of Plasmodium falciparum thus the newborns were treated with intravenous quinine, improving their condition. The mothers of the two newborns who had malaria in pregnancy, one of them received treatment and she was asymptomatic, and the other one had severe malaria at the time of delivery.Conclusions: CM can cause severe neonatal disease with non-specific, sepsis-like clinical manifestations in which early treatment decreases the risk of complicated malaria. It is a differential diagnosis in newborns of women with a history of malaria during pregnancy or pregnant women visiting or living in endemic malaria areas.La malaria congénita (MC) es la infección por Plasmodium spp adquirida in útero o durante el parto y sus manifestaciones clínicas son inespecíficas. Puede causar enfermedad grave en la embarazada y en el recién nacido.Objetivo: describir dos casos de MC causados por Plasmodium falciparum, diagnóstico diferencial de sepsis en recién nacidos de gestantes que hayan visitado o residan en áreas endémicas para malaria.Casos Clínicos: Neonatos de sexo femenino, nacidos en área no endémica para malaria, diagnosticados con sepsis neonatal y tratados con antibióticos sin respuesta clínica. Después de la primera semana de vida la gota gruesa identificó trofozoítos de Plasmodium falciparum y los neonatos recibieron tratamiento con quinina intravenosa con mejoría. Las madres de las recién nacidas tuvieron malaria en el embarazo, una de ellas recibió tratamiento y estaba asintomática y otra tenía malaria complicada al momento del parto.Conclusiones: La MC puede causar enfermedad neonatal grave con manifestaciones clínicas inespecíficas y similares a la sepsis, el tratamiento oportuno disminuye el riesgo de malaria complicada. Es un diagnóstico diferencial en recién nacidos de mujeres con malaria durante el embarazo o gestantes que visiten o residan en áreas endémicas.