The use of appropriate sampling methods, the type of tissue or sample and the use of viable DNA extraction protocols are critical issues in studies based on PCR. In an attempt to identify a simple, reproducible, inexpensive and non-toxic method for obtaining high quality and quantity genomic DNA from fi sh fi n and larvae samples, modifi ed salt extraction protocol and modifi ed phenol-chloroform extraction protocol were compared. The samples obtained from different fi sh species (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus and Prochilodus lineatus) using salt extraction showed good DNA quality and quantity (DNA/RNA relationship 1.8-2.2). These DNA samples were successfully used in the amplifi cation of RAPD (Random Amplifi ed Polymorphic DNA) and microsatellite molecular markers, demonstrating the same effectiveness of this protocol in comparison with modifi ed phenol-chloroform extraction protocol. This DNA extraction procedure constitutes an alternative and effi cient replacement for previous protocols for improving fi sh molecular studies. El uso de apropiados métodos de muestreo, tipo de tejido y la utilización de protocolos viables de extracción del ADN son aspectos críticos en estudios basados en PCR. Los métodos de extracción de ADN deben ser simples, reproducibles, económicos y no contaminantes. Este trabajo tuvo por objetivo comparar un protocolo modifi cado de extracción con sal común (NaCl) y un protocolo modifi cado de extracción con fenol-cloroformo para la obtención de ADN genómico en alta cantidad y calidad desde muestras de aleta y larva de pez ( Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus y Prochilodus lineatus). Las muestras aisladas de diferentes especies de peces usando la extracción con sal común permitieron obtener ADN de buena calidad (relación DNA/RNA 1.8-2.2) y fue usado con éxito en la amplifi cación de los marcadores moleculares RAPD y microsatélite. Esto demostró la misma efectividad de la extracción de ADN con sal común en comparación con el protocolo modifi cado de extracción con fenolcloroformo. Este procedimiento de extracción de ADN constituye una alternativa y un reemplazo efi caz para los protocolos anteriores por mejorar los estudios moleculares en peces.