This paper presents a novel methodology for configuring regional innovation systems (RIS) in Europe. Unlike more traditional works that use many highly correlated individual variables, from 35 variables that reflect different aspects of the regional innovative activity, and using the statistical technique of factorial analysis, these are reduced to seven compound or synthetic variables, each one representing key aspects or subsystems of innovation systems. This holistic and objective technique, in turn, allows a series of applications that can provide national and regional scientific and technological policy makers the possibility of visualizing the high heterogeneity of regional systems in terms of the allocation of resources for innovative activities, the organization of such activities and the scientific and technological products resulting from such innovative activities and efforts.Este trabajo presenta una metodología novedosa para configurar los sistemas regionales de innovación (SRI) en Europa. A diferencia de trabajos más tradicionales que utilizan muchas variables individuales altamente correlacionadas, a partir de 35 variables que reflejan distintos aspectos de la actividad innovadora regional, y usando la técnica estadística del análisis factorial, éstas son reducidas a siete variables compuestas o sintéticas, cada una representando aspectos claves o subsistemas de los sistemas de innovación. Esta técnica holística y objetiva, permite a su vez, una serie de aplicaciones que pueden entregar a los responsables de las políticas científicas y tecnológicas nacionales y regionales la posibilidad de visualizar la alta heterogeneidad de los sistemas regionales en cuanto a la asignación de recursos para las actividades innovadoras, la organización de tales actividades y los productos científicos y tecnológicos resultantes de tales actividades y esfuerzos innovadores.