Introduction: The aetiological study of infections of the central nervous system has traditionally been performed using bacterial cultures and, more recently, using polymerase chain reaction (PCR) for herpes simplex virus (HSV). Bacterial cultures may not have good performance, especially in the context of patients who have received antibiotics prior to sampling, and a request for HSV only by PCR reduces the information to only one aetiological agent. The aim of this study is to determine the infectious causes of meningitis and encephalitis, using traditional microbiology and molecular biology to improve the aetiological diagnosis of these diseases.Patients and Method: A prospective study was conducted on 19 patients with suspected meningitis, admitted to the Luis Calvo Mackenna Hospital in Santiago, Chile, from March 1, 2011 to March 30, 2012. After obtaining informed consent, the CSF samples underwent cytochemical study, conventional culture, multiplex PCR for the major producing bacterial meningitis (N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae), real-time single PCR for HSV-1 and 2, VZV, EBV, CMV, HHV-6 and enterovirus. Clinical and epidemiological data were also collected from the clinical records.Results: Of the 19 patients analysed, 2 were diagnosed by conventional methods and 7 by adding molecular biology (increase to 37%). Three patients had meningitis due to S. pneumoniae, one due to Enterobacter cloacae, 2 patients meningoencephalitis HSV-1, and one VZV meningitis.Conclusions: The addition of PCR to conventional diagnostic methods in CNS infections increases the probability of finding the causal agent. This allows a more adequate, timely and rational management of the disease.Introducción: El estudio etiológico de las infecciones del sistema nervioso central se ha realizado tradicionalmente con cultivos bacterianos y con reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para virus herpes simple (VHS). Los cultivos bacterianos pueden disminuir su rendimiento en pacientes que hayan usado antibióticos previos a la toma de muestra, y el solicitar PCR solo para virus VHS reduce el diagnóstico etiológico a un solo agente. El objetivo de este trabajo fue determinar las causas infecciosas en meningitis y encefalitis en niños, utilizando conjuntamente la microbiología convencional y la biología molecular, con el fin de mejorar el diagnóstico etiológico de estas enfermedades.Pacientes y Método: Se estudiaron 19 pacientes con sospecha de meningitis y encefalitis, de manera prospectiva, hospitalizados en el hospital Luis Calvo Mackenna en Santiago de Chile, entre el 1 de marzo de 2011 y el 30 de marzo de 2012. Luego de obtener el consentimiento informado, a las muestras de LCR se les realizó examen citoquímico, cultivo, PCR múltiple bacteriana (N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae) y PCR en tiempo real para HSV-1 y 2, VVZ, VEB, CMV, VHH-6 y enterovirus. Se recabaron datos clínicos y epidemiológicos desde la ficha clínica del paciente.Resultados: De los 19 pacientes analizados 2 (10%) fueron diagnosticados por métodos microbiológicos convencionales y 7 (37%) al adicionar biología molecular (p = 0,02). Tres pacientes presentaron meningitis por S. pneumoniae, uno por Enterobacter cloacae, 2 pacientes meningoencefalitis por VHS-1 y uno meningitis por VVZ.Conclusiones: La adición de la PCR a los métodos microbiológicos convencionales de diagnóstico en las infecciones del sistema nervioso central aumenta significativamente la probabilidad de detectar el agente causal. La incorporación rutinaria del diagnóstico molecular permitiría un manejo más oportuno y racional.