Actualmente, debido a cambios en los hábitos alimentarios de la población mundial existe déficit en algunos micronutrientes y otros compuestos lipídicos esenciales y/o beneficiosos para la salud humana. Una forma de prevenir esta problemática es la fortificación de alimentos con estos compuestos bioactivos; sin embargo, muchos de estos tienen baja solubilidad en agua y/o son inestables durante el proceso digestivo. De esta manera, los sistemas coloidales de entrega (delivery systems) proporcionan una protección a los compuestos bioactivos durante la digestión y mejoran su bioaccesibilidad, donde las nanoemulsiones son una gran alternativa ya que pueden mejorar la liberación, solubilización y absorción de estos compuestos durante el proceso digestivo. En esta revisión, nos centramos en el uso de las nanoemulsiones como método de vehiculización de diferentes compuestos bioactivos lipídicos como vitaminas, ácidos grasos libres y antioxidantes para la fortificación de alimentos. Las investigaciones recopiladas evidenciaron que la incorporación de diversos compuestos bioactivos en nanoemulsiones aumenta su bioaccesibilidad, siendo estos sistemas una buena alternativa para la fortificación de alimentos.