Knowledge related to the genetic improvement of quinoa has been increasing in recent years, demonstrating an effective advance in obtaining morphological characteristics meant to achieve uniformity in the quantity and quality of the production obtained in the field. For this research, quinoa flour harvested in Mexico and Chile, the latter of which was genetically modified, was obtained and characterized. Next, the determination of moisture, fats, fiber, carbohydrates, acidity, ash, proteins, polyphenols, and flavonoids was performed. Functional properties were also evaluated, and a microbiological count was made. No differences were observed in the odor and color of the flours, nor was there a change in moisture during 6 months of storage. The initial percentages of acidity, fats, proteins and ashes were higher in Chilean flour (2.25, 10.99, 10.69 and 3.54%, respectively), while flour from Mexico presented 1.75, 7.64, 8.4 and 3.17%, respectively. Regarding raw fiber and carbohydrates, the results obtained were lower for Chilean flour (2.78 and 59.78%, respectively), while Mexican flour showed 4.08 and 66.67%, respectively. The content of flavonoids and polyphenols in Chilean flour were higher than those of Mexico. The results obtained reveal that the nutritional content of Chilean quinoa flour was better than that of Mexico. The growth of molds and yeasts was observed in the 6th month for the Mexican flour; however, the values did not exceed the limits of the OMN (Official Mexican Norm) 247.El conocimiento relacionado con el mejoramiento genético de la quinoa ha aumentado en los últimos años, demostrando un avance efectivo en la obtención de características morfológicas destinadas a lograr la uniformidad en la cantidad y calidad de la producción obtenida en el campo. Para esta investigación, se obtuvo y caracterizó la harina de quinua cosechada en México y Chile, esta última genéticamente modificada. A continuación, se realizó la determinación de humedad, grasas, fibra, carbohidratos, acidez, cenizas, proteínas, polifenoles totales y flavonoides totales. También se evaluaron las propiedades funcionales y se realizó un recuento microbiológico. No se observaron diferencias en el olor y el color de las harinas, ni hubo un cambio en la humedad durante 6 meses de almacenamiento. Los porcentajes iniciales de acidez, grasas, proteínas y cenizas fueron mayores en la harina chilena (2.25, 10.99, 10.69 y 3.54%, respectivamente), mientras que la harina de México presentó 1.75, 7.64, 8.4 y 3.17%, respectivamente. Con respecto a la fibra cruda y los carbohidratos, los resultados obtenidos fueron menores para la harina chilena (2.78 y 59.78%, respectivamente), mientras que la harina mexicana mostró 4.08 y 66,67%, respectivamente. El contenido de flavonoides y polifenoles en la harina chilena fue superior al de México. Los resultados obtenidos revelan que el contenido nutrimental de la harina de quinoa chilena fue mejor que el de México. El crecimiento de mohos y levaduras se observó en el sexto mes para la harina mexicana; sin embargo, los valores no excedieron los límites de la NOM (Norma Oficial Mexicana) 247.