My paper deals with indigenous peoples’ rights, focusing on Latin American case-law related to gender issues. Latin American Courts have faced cases related to sexual crimes or domestic violence among indigenous people and have to choose between giving pre-eminence to women’s rights or indigenous autonomy. On deciding those cases, the tools provided by the proportionality test are paramount in order to analyse the case-law. The indigenous rights regimes (ILO-169, UNDRIP) may prevail or not against other human rights systems (which specially protect women or children) according to the facts of the case, but also according to domestic legal cultures modelled by the country’s historical evolution.Este trabajo analiza los derechos de los pueblos indígenas, centrándose en la jurisprudencia latinoamericana relacionada con cuestiones de género. Los tribunales latinoamericanos han enfrentado casos relacionados con crímenes sexuales o violencia intra-familiar entre indígenas y tienen que decidir entre dar preeminencia a los derechos de las mujeres o la autonomía indígena. Al resolver estos casos, las herramientas proporcionadas por el test de proporcionalidad son esenciales para analizar la jurisprudencia. Los regímenes de derechos indígenas (ILO-169, UNDRIP) pueden prevalecer o no contra otros sistemas de derechos humanos (que protegen especialmente a las mujeres o los niños) de acuerdo con los hechos del caso, pero también de acuerdo con la cultura jurídica modeladas por la diversa evolución histórica de cada país.