Almost all orchid species depend on association with fungal partners. These fungal species facilitate orchid seed germinationand promote growth and possibly stress tolerance in adult plants, both in the field and laboratory conditions. Codonorchislessonii is a terrestrial orchid, endemic to southern Chile and Argentina with a currently unknown conservation status.Previous studies have reported Rhizoctonia-like fungi associated with C. lessonii in Argentina, but their fungal partnersin Chilean populations are unknown. This study aims to characterize and isolate the mycorrhizal fungi associated withadult individuals of C. lessonii from three different populations in Central-South Chile. Root sections showing pelotonswere used for the isolation and identification of the fungal taxa. Radial fungal growth was measured for all mycelialisolates. The presence of binucleate cells placed all isolates within the families Ceratobasidiaceae and Tulasnellaceaeand the identification was confirmed by molecular analysis. Fungal isolates belonging to Ceratobasidiaceae grew at ahigher rate than those from Tulasnellaceae. Phylogenetic analyses showed that different fungal partners associate with thisorchid, suggesting relatively low specificity. The isolation and identification of the fungal partners of C. lessonii could helpunderstand its ecology and contribute in future restoration and propagation initiatives for the species.La mayoría de las especies de orquídeas dependen de la asociación con hongos. Estas especies de hongos facilitan lagerminación de las semillas promueven el crecimiento y, posiblemente, la tolerancia al estrés en plantas adultas tanto enterreno como en condiciones de laboratorio. Codonorchis lessonii es una orquídea terrestre, endémica del sur de Chile yArgentina, con un estado de conservación desconocido. Estudios previos han reportado hongos tipo Rhizoctonia asociadoscon C. lessonii en Argentina, pero los hongos asociados a las poblaciones chilenas no se conocen. Este estudio apuntaa caracterizar y aislar los hongos micorrícicos asociados con individuos adultos de C. lessonii de tres poblaciones en lazona centro-sur de Chile. Secciones de raíz con evidencia de pelotones se usaron para aislación e identificación de lostaxa fúngicos. El crecimiento radial de los hongos se midió en todos los aislados de micelio. La presencia de célulasbinucleadas ubica a todos los aislados dentro de las familias Ceratobasidiaceae y Tulasnellaceae, identificación confirmadacon el análisis molecular. Los aislados de las Ceratobasidiaceae crecieron a una tasa mayor que los de las Tulasnellaceae.El análisis filogenético mostró que diferentes hongos se asocian con esta orquídea, sugiriendo una baja especificidad. Laidentificación y aislamiento de hongos asociados con C. lessonii podría ayudar a entender su ecología y contribuir a futurasiniciativas de propagación y restauración de esta especie.