The soft bottom macroalgae of the lagoon reef in the Biosphere Reservation of the Chinchorro Bank in june of 2009, 2010 and 2011were analyzed. The research aim was to determine the algae structure and know their interannual changes in the same period. Weregistered 21 species Chondrophycus papillosus was the dominantest species, the intervals of diversity are from 2.8 to 9.9 beles/ind, for sandy bottoms, the more diverse area was in the half part of the lagoon. The sites similarity was obtained with the Morisita’sIndex, data set present diverse and heterogeneous groups that characterized specific areas inside the reef lagoon, mainly the near onesto the windward reef. The canonical analysis shows the sampling sites and species space position and their environmental factorsdependence: temperature and depth; the salinity and dissolved oxygen have not influence on algae. A high bigger correlation ispresented at 0.9 between the environmental parameters and the first two main components of the system.Se analizaron las macroalgas de fondos suaves de la laguna arrecifal de la Reserva de la Biosfera de Banco Chinchorro en junio de2009, 2010 y 2011. El objetivo de la investigación fue conocer la estructura de las algas y sus cambios interanuales en una mismaépoca. Se registraron 21 especies, Chondrophycus papillosus fue la dominante, los intervalos de diversidad estuvieron de 2,8 a 9,9beles/ind. en los fondos arenosos; el área más diversa fue la parte media de la laguna. La similitud de localidades fue obtenida con elíndice de Morisita y presentan un grupo heterogéneo que caracterizan áreas específicas dentro de la laguna arrecifal, principalmentecerca del borde de barlovento. El análisis canónico muestra la posición espacial de sitios y especies en relación a su dependencia delos factores del ambiente: la temperatura y la profundidad; la salinidad y el oxígeno disuelto no tienen influencia en las algas. Unamuy alta correlación de 0,9 es presentada entre los parámetros del ambiente y los primeros dos componentes principales del sistema.