This work estimates the loss and fragmentation of native forest in the watershed of the river Aysén during the 20th century, as a result of clearance fires induced by land settlers. In order to generate the reconstruction of the native forest cover, several documentary records and GIS ArcView 3.2 were used. Different indexes of landscape changes were applied (area, density and size of the fragment, core area, euclidean distance, shape and aggregation index, and edge length) to estimate the distribution of the native forest between 1900 and 1998, which indicate that the main replacement of the forest was by prairies. A loss of approximately 23% of native forest was registered, also an increase in the number of forest fragments (<100 ha), as a result of the settlement process. Howerer, the increasing number of fragments has a high connectivity, wich was corroborated using different landscape indexesEn este trabajo se estimó la pérdida y fragmentación de bosque nativo en la cuenca del río Aysén, ocurrida entre los años 1900 y 1998, debido principalmente a incendios forestales producto de la colonización del territorio. En la reconstrucción de la cobertura boscosa fueron de gran utilidad distintos registros históricos y el sistema de información geográfica (SIG ArcView 3.2). Se aplicaron diferentes índices del paisaje (área, densidad y tamaño del fragmento, área núcleo total, distancia euclidiana, índices de forma y de agregación, y longitud de borde total), evaluándose los cambios en los patrones de distribución del bosque nativo entre 1900 y 1998. Se reconoció que el bosque perdido fue reemplazado mayormente por praderas, evidenciándose una pérdida aproximada del 23%, de bosque nativo, identificándose además un aumento de fragmentos menores a 100 ha, y la disección de estos debido a los incendios generados durante la colonización. Sin embargo, dichos fragmentos presentarían una alta conectividad, situación que fue corroborada a través de diferentes índices de paisaje