Se evaluó la presencia de hongos endófitos en hojas de dos plantas medicinales, Acanthospermum australe y Pterocaulon alopecuroides, utilizadas entre otras cosas para tratar infecciones cutáneas. El muestreo se realizó en el entorno rural de dos ciudades del nordeste argentino. Los especimenes fueron recogidos por aborígenes de la zona conocedores de su distribución ambiental. Los hongos se aislaron mediante la técnica de Bisseger et al., 1994 y se identificaron empleando caracteristicas morfofisiológicas. Considerando las dos plantas, se encontraron 40 morfoespecies, donde los taxa más frecuentes en Acanthospermum australe fueron: Alternaria alternata, Aureobasidium pullulans, Fusarium oxysporum, F. solani, Myrothecium roridum, Phoma spp. y Sordaria fimícola, y en Pterocaulon alopecuroides fueron: Alternaria alternata, Aureobasidium pullulans, Cladosporium cladosporioides, Curvularia lunata, Fusarium proliferatum y Myrothecium roridum. Estos taxas considerados como generalistas (o de múltiples hospedadores), presentan según la literatura específica analizada, alta producción de metabolitos secundarios bioactivos con potenciales capacidades terapéuticas antimicrobianas.