Las cianobacterias son microorganismos fototróficos oxigénicos, con una amplia distribución, ya que han sido reportados en aguas dulces o saladas de los cinco continentes. Eventualmente pueden desarrollarse en grandes masas, denominadas «blooms» (florecimientos), generados, usualmente, por efectos antropogénicos. Varias especies de cianobacterias pueden producir potentes neurotoxinas y hepatotoxinas,las cuales presentan serias dificultades para ser eliminadas del agua. La intoxicación con algunas de estas toxinas puede ser grave causando la muerte de animales o el hombre y se sospecha que la ingestión aúnde microdosis, pueda inducir la formación de tumores. La distribución de cianobacterias de aguas continentales de Chile, se presenta desde el extremo Norte hasta el territorio Antártico. Se ha determinado en diferentes regiones la presencia de especies tóxicas y la formaciónde florecimentos. Mediante cromatografía líquida de alta presión (HPLC) y espectrometría de masas (MALDITOF) (PSD), se ha determinado en diferentes cuerpos de agua la cianotoxina microcistina. Finalmente se sugieren recomendaciones para tomar conocimiento y establecercontroles que eviten el riesgo a su exposición.