The Post-genomic Era includes features both from a methodological and epistemic point of view and from an ontological perspective. Firstly, it incorporates new methods of high-throughput sequencing of DNA and RNA, and the development of complete genomes that allow a precise reference of the molecular results obtained. In addition, from an ontological perspective, the centre of gravity of the molecular processes is placed on the expression of genes, and the way in which such expression is regulated; these features turn the attention towards the study of Gene Regulatory Networks, and in particular to the role of RNA. This new molecular-biological perspective based on new methodologies and approaches is affecting the existing Molecular Genetics Theory including the definition of gen and Central Dogma of Molecular Biology. An important philosophical challenges posed by this new situation is the question whether there is a sophistication of the present theory or a New Theory of Molecular Genetics (a change of paradigm) and whether there is an incommensurability between this theory and the accepted theory (the existing paradigm). In this work we evaluate these changes in the light of Kuhn’s theory of scientific revolution in order to propose an alternative between a moderate and a strong view. According to the moderate one, the Post-genomic changes do not properly involve a paradigm shift or, if they do, they constitute a minor revolution. The strong view considers that, the anomalies disclosed in the Molecular Genetics Theory at conceptual and methodological level and the Post-genomic changes they lead to suppose a scientific paradigm shift.En estos momentos nos encontramos en el ámbito de la biología molecular en una nueva etapa, denominada Post-Genómica, que se caracteriza desde un punto de vista epistémico y metodológico por la incorporación de nuevos métodos de secuenciación tanto de ADN como de ARN, y por el desarrollo de genomas que permiten referenciar de una forma precisa los resultados moleculares obtenidos. Además, se está produciendo un cambio de perspectiva sobre la expresión de caracteres donde el foco se centra en el estudio del ARN. Esta nueva perspectiva biológico-molecular basada en las nuevas metodologías y enfoques está afectando a la Teoría Genética Molecular existente así como a la definición de gen y del Dogma Central de la Biología Molecular. El principal reto filosófico que plantea esta nueva situación consiste en analizar si estamos ante una sofisticación aún mayor de la Teoría Genética Molecular o ante un cambio completo de paradigma que producirá una Nueva Teoría Genética de Procesos Moleculares además de una inconmensurabilidad con las teorías científicas precedentes derivada de los cambios que originan estas nuevas metodologías. En este trabajo evaluamos estos cambios a la luz de algunas ideas de Kuhn con el  fin de plantear una alternativa entre una interpretación moderada que entendería que la Post-genómica no entraña propiamente un cambio de paradigma o, si lo hace, se trata de una revolución menor, y una interpretación fuerte para la que las anomalías que la Post-genómica descubre en la Genética Molecular y los cambios conceptuales y metodológicos por ellas entrañadas suponen un cambio de paradigma científico.