Las elecciones departamentales de 2010 en Uruguay arrojaron resultados anómalos para los estándares del país, los cuales están asociadas a un significativo aumento del voto nulo y blanco. Este artículo busca explicar los factores que propiciaron este fenómeno en perspectiva comparada con las elecciones de 2005, partiendo de la hipótesis de que dicho aumento está asociado a la modificación en el cambio institucional debido a la incorporación en elecciones concurrentes de un nuevo nivel de gobierno (municipios). A partir de cuatro modelos econometricos, los hallazgos demuestran que para el 2005 el voto inválido está asociado positivamente con la escolaridad lo que refleja un voto de protesta; mientras que en 2010 muestra que están asociados al diseño institucional. Por su parte, cuando se analizan los votos inválidos por separado (blanco y nulo) para las elecciones del 2010, los primeros están asociados a la protesta política y los últimos al cambio institucional.