This paper aims to show how the higher education system in Mexico still uses colonial racial categories in the implementation of intercultural public policies for indigenous people. In order to do so, I take as an example the Program for Academic Support for Indigenous Students in the University of Guadalajara, located in the west of Mexico, and implemented since 2001. We show how the university implemented the program with a racial and colonial vision of what being indigenous is. Finally, we describe the demands of some indigenous students of this institution, in order to close with a discussion on the necessity that the university holds a public debate about racism.Este texto pretende mostrar cómo el sistema universitario público en México sigue recurriendo a categorías raciales coloniales en la implementación de políticas públicas interculturales dirigidas a indígenas. Para ello se analiza como ejemplo empírico la implementación del Programa de Apoyo Académico a Estudiantes Indígenas (PAAEI) en la Universidad de Guadalajara, institución ubicada en el occidente de México, a partir de 2001. Se muestra cómo la universidad, desde una visión racial y colonial de ser indígena, implementó dicho programa. Posteriormente, se recogen las demandas de los estudiantes universitarios, para finalizar con una discusión sobre la necesidad de que la universidad haga un debate público sobre el tema del racismo.