Se estudió la abundancia, el origen, el espectro biológico y los hábitats de la flora de macrófitos acuáticos en los cuerpos límnicos (lóticos y lénticos) y en las marismas salobres de la Patagonia occidental de la Región de Aisén, Chile. Se encontraron 86 especies de macrófitos vasculares incluidos en 54 géneros y 33 familias. Sólo 8 especies son abundantes (Myriophyllum quitense, Potamogeton stenostachys, Glyceria multiflora, Hippuris vulgaris,Marsippospermum grandiforum, Tetroncion magellanicum, Scirpus californicus y Gunnera magellanica) la mayoría de ellas ocupando los hábitats que ofrecen los abundantes pantanos ribereños. Del total de especies 73 son autóctonas y sólo 13 son alóctonas, lo que señala escasa intervención humana en estos cuerpos acuáticos. El espectro biológico está integrado por 54 hierbas perennes (hemicriptófitos) y 23 hierbas grandes con rizomas subacuáticos y culmos aéreos (criptófitos). Hierbas erguidas y subarbustos (caméfitos) presentaron 6 especies y las hierbas anuales (terófitos) 3. De las formas palustres emergidas (helófitos) se colectaron 67 especies y de las acuáticas (sumergidas, natantes y flotantes libre) 19. Los cuerpos acuáticos con mayor riqueza florística fueron las lagunas de tierras bajas con 44 especies y esteros con poca corriente con presencia de 37 especies. Pequeños rodales de marismas litorales fueron los únicos ambientes salobres encontrados y, en ellos, se colectaron 5 halófitos (Cotula coronopifolia, Puccinellia glaucescens, Triglochin concinna, Ruppia flifolia yZannichellia palustris). Además se analizó el desarrollo histórico del conocimiento que se tiene de la flora acuática macrofítica de la región de Aisén, concluyendo que la mayoría de las especies encontradas había sido prospectada con anterioridad. Sólo Verónica anagallis-aquatica y Lycopus europaeus, pueden considerarse neófitos de reciente introducción, la primera con carácter de invasora. Por último, se discuten los resultados comparándolos con los encontrados en ambientes acuáticos de otras regiones más septentrionales de Chile central.