En una zona desértica del norte chileno entre los 2200 y 4500m de altura y en 2 períodos estacionales, se determinó la presencia y composición de las comunidades de microhongos queratinofílicos, epifitos y endófitos mediante el empleo de un anzuelo queratínico y vegetal. Las metodologías empleadas permitieron apreciar ciertos aspectos ecológicos de un grupo de hongos tolerantes al estrés y la persistencia en el tiempo de algunas de sus poblaciones en 3 gradientes altitudinales.En 79 muestras de suelo y 67 de vegetales se obtuvieron 1111 aislamientos, repartidos en 78 géneros y 172 especies y los integrantes de los 18 géneros más frecuentes en ambos substratos y en todas las altitudes reunieron el 80% del total de presencia fúngica.Los Zygomycetes fueron representados por 4 géneros, los Ascomycetes por 11, los Coelomycetes por 8 y los Hyphomycetes por 70 . En este último grupo los principales taxa en orden decreciente fueron: Ulocladium, Penicillium, Aspergillus, Acremonium, Alternaria, Cladosporium, Fusarium, Paecilomyces, Trichoderma, Bipolaris, Rhizopus, Aphanocladium y Verticillium. Los integrantes del género Ulocladium Aspergillus, Penicillium y Alternaria obtuvieron las mayores frecuencias en el primer escalón altitudinal en las 3 metodologías, mientras en el escalón más alto fue Penicillium, Ulocladium, Cladosporium y Acremonium. Ocho especies mantuvieron una alta presencia en la mayoría de los sustratos y altitudes: Ulocladium atrum, U.chartarum, Alternaria alternata, Emericella nidulans,Cladosporium cladosporioides, U.botrytis, Aspergillus fumigatus y A. niger, junto a una proporción mayoritaria de especies esporádicas o de baja frecuencia (“ruderal”).La mayoría de los Onygenales y anamorfos relacionados, se aislaron principalmente en verano entre los 2200 y los 4000m. Los más frecuentes fueron: Auxarthron umbrinum, Chrysosporium tropicum, Malbranchea gypsea y Geomyces pannorum. La presencia más alta del grupo (17,4%) en todos los escalones y la persistencia a través del tiempo correspondió a G. pannorum.Entre los 2200-3000m, en todos los subtratos se observaron las mayores presencias fúngicas (47 géneros y 102 spp.; 32 géneros y 63 spp.; 21 géneros y 33 spp. respectivamente) y las principales especies de la comunidad fúngica, parecen exhibir condiciones de estabilidad en el tiempo. La mayor diversidad se observó en el anzuelo queratínico y la menor en los epífitos. No hay diferencia clara entre verano e invierno y los hongos queratinofílicos responden mejor al gradiente altitudinal, mostrando mayores diversidades a menores alturas.