El cuerpo humano presenta una gran variedad de micro nichos que están colonizados por diversos grupos de microorganismos, principalmente bacterias, que establecen con nuestro cuerpo una relación simbionte y colaboran de manera positiva a nuestra biología. En los últimos años, diversos grupos multinacionales han emprendido la tarea de estudiar, mediante avanzados procedimientos de análisis molecular y bioinformáticos, las comunidades microbianas que habitan nuestro cuerpo. Este artículo, pretende entregar una visión global de cómo, en la actualidad, se está abordando el estudio de nuestro microcosmos y cuáles son los aspectos más sobresalientes derivados de los mismos.