En el presente trabajo se describe la separación óptima de moléculas de DNA cromosómico intacto del hongo filamentoso Pycnoporus cinnabarinus, mediante eléctroforesis de campo pulsado usando un sistema de contorno de campo eléctrico homogéneo (CHEF), con un electrodo hexagonal.Se estudió una serie de condiciones experimentales en las cuales se hizo variar la duración del intervalo de tiempo en cada dirección del campo y el tiempo total de la corrida.De esta manera fue posible separar el DNA cromosómico de P. cinnabarinus en cuatro bandas que, dependiendo e las condiciones de electroforesis,pueden ser resueltas por lo menos en siete bandas. Utilizando los patrones de migración del DNA cromosómico de Saccharomyces cerevisiae y Schwanniomyces occidentalis comoestándar, estimamos que los tamaños moleculares del DNA cromosómico de P. cinnabarinus oscilan entre 1.9 y 2.5 megabases (Mb).