Se hizo una prospección de los hifomicetes acuáticos presentes en ambientes lénticos y lóticos a lo largo de Chile, desde Arica hasta Punta Arenas. Se tomaron muestras desde 62 cuerpos de agua, usando técnicas de filtración de muestras de agua, de análisis de espuma acumulada en la ribera de los ríos, esteros, lagunas o lagos, de observación directa del substrato colectado desde el agua, controlando parámetros físicos y químicos del hábitat. Se distinguen 77 taxa, de los cuales 65 son determinados a nivel de especie y 12 a nivel de género. El uso en conjunto de las tres técnicas permite visualizar diferencias cuantitativas importantes en la micota acuática de estos: la mayor variedad de especies corresponde a la zona de Osomo y Llanquihue, reflejo del mayor número de muestras analizadas, en el tiempo y el espacio, de la mayor abundancia de substrato colonizable (material vegetal) y de las características físico-químicas del agua. De las zonas estudiadas, la región de Tarapacá (Arica), zona desértica, presenta la menor variedad y abundancia de hifomicetes acuáticos. Se incluyen dibujos de 48 especies.