El cultivo de maíz es la base de la alimentación para México, el objetivo de este trabajo fue identificar la micobiota en cuatro genotipos de maíz de Saltillo, Coahuila y cuatro de Tepalcingo, Morelos. Se realizó de acuerdo a la prueba papel secante y congelamiento, se tomaron 1000 semillas de maíz por cada genotipo, las cuales se desinfectaron con hipoclorito de sodio al 3 % (2 veces) y posteriormente se enjuagaron con agua destilada por 1 min. (2 veces). La siembra fue realizada en charolas de plástico 18.5 x 25 cm, sobre papel secante estéril previamente humedecido, las charolas se mantuvieron a temperatura ambiente de 26 °C ± 2 °C durante 11 días en la cámara bioclimática del Laboratorio de Fitopatología de la Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro. Terminado el periodo de la incubación, se procedió a contar y aislar el número de las colonias de hongos por su color por repetición, para su posterior purificación e identificación, así como las semillas sanas, es decir, aquellas que no presentaron crecimiento de micelio y la incidencia reportándose como porcentaje de semilla colonizada, analizando los datos en el programa de la Universidad de Nuevo León versión 2.5. Se observó diferencia estadística entre la incidencia de hongos en los genotipos de maíz P>F 0.00, con un coeficiente de variación del 22.77 %, los genotipos de Tepalcingo con una media del 77.925% y Saltillo 87.725%, reportando por primera vez a Acremonium sp. en Saltillo, Coahuila y Tepalcingo, Morelos, México.